El archipiélago de las Cíes atrae al público turista por su patrimonio cultural, su naturaleza exótica, su oferta de actividades y, ante todo, su biodiversidad. La fauna marina y terrestre es protagonista en el entorno natural de playa de Rodas, el Lago dos Nenos, el Faro do Peito y otros enclaves de interés.
Una de las especies más características de las Cíes y la Costa da Vela es la gaviota patiamarilla. Esta ave de gran tamaño se distingue por sus patas de color amarillo y por el tono grisado de su plumaje. Aunque está distribuida por todo el Mediterráneo, reconoce en este archipiélago su mayor colonia en Europa.
La patiamarilla convive con alrededor de dos mil parejas de cormoranes moñuno, la segunda ave más representativa de las islas Cíes, fácilmente observable en los acantilados. Pese a la disminución de sus poblaciones, sus poblaciones en este archipiélago son notables.
Respecto a los mamíferos isleños, las Cíes poseen una nutrida familia de erizos europeos. Pueden avisarse en los caminos y las construcciones de la isla de Faro. Por su parte, las nutrias cuentan con representantes en la totalidad del Parque Nacional de las Islas Atlánticas, pese a lo cual son difíciles de observar. Completan la lista de mamíferos los conejos, musarañas, ratones de campo y murciélagos.
Entre los ofidios y los reptiles de las Cíes, destacan el lagarto arnal, el mayor de su género en la Península, y numerosas especies de culebra (viperina, de escalera, lisa meridional, etcétera) que resultan inofensivas para el visitante.
En la época adecuada y con suerte, los submarinistas tienen aquí la oportunidad de nadar entre dos especies de delfín, común y mular. Otro mamífero marino que habita en las Cíes es la raya mosaico, que además de superar los diez kilogramos de peso, presenta un ‘caleidoscopio’ de colores en su dorso, rasgo al que debe su nombre.